Nhóm khủng bố sau khi đột nhập Viện nghiên cứu vi sinh quốc gia và lấy đi mẫu vi khuẩn gây bệnh truyền nhiễm cực kì nguy hiểm đã khống chế chiếc tàu khinh khí trên hành trình bay từ Tokyo tới Osaka mà Conan và nhóm bạn đang là khách mời trên đó. Một đại thảm họa sẽ xảy ra nếu vi khuẩn gây bệnh bị phát tán xuống thành phố đông dân cư Osaka!!
Chiếc tàu khinh khí mà nhà tài phiệt Suzuki Jirokichi dùng để thách đấu siêu đạo chích Kid đã trở thành một sân khấu - nơi mà Conan và Kid bắt tay nhau cùng đối đầu với nhóm khủng bố nguy hiểm.
